মসজিদের গ্রাউন্ড ফ্লোরের আয়তন প্রায় ৫১ হাজার বর্গফুট। মূল চারতলা অংশে কয়েক হাজার মুসল্লি একসঙ্গে নামাজ আদায় করতে পারেন। বিভিন্ন তলার পাশাপাশি মসজিদের সামনের বিশাল পেডমেন্ট এলাকাতেও বিপুলসংখ্যক মুসল্লির নামাজ আদায়ের ব্যবস্থা রয়েছে।

মসজিদের স্থাপত্যে রয়েছে একাধিক গম্বুজ। সামনের অংশে রয়েছে প্রায় ৯০ ফুট উচ্চতার প্রধান গম্বুজ। ছোট-বড় মিলিয়ে মসজিদটিতে মোট ১৪টি গম্বুজ রয়েছে। পরিকল্পনা অনুযায়ী চারপাশে চারটি সুউচ্চ মিনার নির্মাণের কথা রয়েছে, প্রতিটির উচ্চতা প্রায় ১৫০ ফুট। মসজিদের তিন পাশ দিয়ে প্রবেশের ব্যবস্থা রাখা হয়েছে। প্রতিটি প্রবেশপথের ওপর রয়েছে গম্বুজ। বিশ্ববিদ্যালয়ের বিভিন্ন অনুষদ ও ভবন থেকে মুসল্লিদের সহজে মসজিদে আসার জন্য নির্মাণ করা হয়েছে প্রশস্ত পথ।

মসজিদের বিভিন্ন তলায় বিপুলসংখ্যক মুসল্লির নামাজ আদায়ের ব্যবস্থা রয়েছে। দোতলায় প্রায় ৩ হাজার ৩০০ জন, তৃতীয় তলায় প্রায় ৮০০ জন এবং চতুর্থ তলায় প্রায় ২ হাজার ৫০০ জন মুসল্লির নামাজ আদায়ের ব্যবস্থা রয়েছে। সব মিলিয়ে মসজিদের মূল ভবনে ৬ হাজার ৫০০-এর বেশি মুসল্লি নামাজ আদায় করতে পারেন। এর সঙ্গে মসজিদের সামনের বিশাল খোলা অংশ যুক্ত হলে একসঙ্গে প্রায় ১৭ হাজার মানুষের নামাজ আদায়ের ব্যবস্থা হয়। এ কারণেই এটি বাংলাদেশের বৃহৎ মসজিদগুলোর অন্যতম এবং শিক্ষাপ্রতিষ্ঠানভিত্তিক বৃহত্তম মসজিদ হিসেবে বিশেষ পরিচিতি পেয়েছে।

কেন্দ্রীয় মসজিদকে শুধু নামাজের স্থান হিসেবে নয়, ইসলামী জ্ঞানচর্চার একটি গুরুত্বপূর্ণ কেন্দ্র হিসেবেও গড়ে তোলার পরিকল্পনা রয়েছে। মসজিদের নিচতলায় ইসলামী গ্রন্থাগার ও গবেষণা কেন্দ্র স্থাপনের প্রস্তাব রয়েছে। এ ছাড়া মসজিদকেন্দ্রিক বিভিন্ন সহায়ক স্থাপনা যেমন, ইসলামী ব্যাংক, কর্মচারীদের জন্য ক্যাফেটেরিয়া এবং বিশ্ববিদ্যালয় প্রেস ইত্যাদি পরিকল্পনা বাস্তবায়িত হলে মসজিদটি বিশ্ববিদ্যালয়ের ধর্মীয় ও জ্ঞানচর্চার কার্যক্রমে আরো গুরুত্বপূর্ণ ভূমিকা রাখতে পারবে। মসজিদের দোতলায় বিশ্ববিদ্যালয়ের ছাত্রীদের নামাজ আদায়ের জন্যও পৃথক ব্যবস্থা রয়েছে।

ক্যাম্পাসের বিভিন্ন আবাসিক হলের জন্য আলাদা মসজিদ থাকায় কেন্দ্রীয় মসজিদটি মূলত জুমার নামাজের অন্যতম প্রধান কেন্দ্র হিসেবে ব্যবহৃত হয়। প্রতি শুক্রবার এখানে বিশ্ববিদ্যালয়ের শিক্ষক-শিক্ষার্থী, কর্মকর্তা-কর্মচারী ছাড়াও আশপাশের এলাকার মানুষ নামাজ আদায় করতে আসেন। প্রতিবছর ঈদুল ফিতর ও ঈদুল আজহার নামাজও এখানে অনুষ্ঠিত হয়। এ সময় বিশ্ববিদ্যালয় ক্যাম্পাস ও আশপাশের এলাকার বিপুলসংখ্যক মুসল্লির উপস্থিতিতে মসজিদ প্রাঙ্গণ মুখর হয়ে ওঠে। ২০২১ সালের সেপ্টেম্বরে মসজিদের সাউন্ড সিস্টেম নিয়ে শিক্ষার্থীদের মধ্যে সমালোচনা শুরু হলে ব্র্যাকের সহযোগী প্রতিষ্ঠান ব্র্যাকনেটের অর্থায়নে মসজিদে নতুন অত্যাধুনিক সাউন্ড সিস্টেম স্থাপন করা হয়।

ইসলামী বিশ্ববিদ্যালয় কেন্দ্রীয় মসজিদের স্থাপত্য শুধু ক্যাম্পাসের মানুষকেই নয়, বিদেশিদেরও আকৃষ্ট করেছে। ২০২৩ সালের ২১ এপ্রিল ঢাকাস্থ যুক্তরাষ্ট্র দূতাবাসের ফেসবুক পেজ থেকে মসজিদটির ছবি প্রকাশ করা হয় এবং এর বাহ্যিক সৌন্দর্যের প্রশংসা করা হয়। বিশাল প্রাঙ্গণ, শ্বেতপাথর ও সিরামিকের সমন্বিত নির্মাণ, সুউচ্চ গম্বুজ ও মিনারের পরিকল্পনা—সব মিলিয়ে মসজিদটি ইসলামী বিশ্ববিদ্যালয়ের অন্যতম দৃষ্টিনন্দন স্থাপনা হিসেবে পরিচিত।

কেন্দ্রীয় মসজিদে একজন ইমাম পাঁচ ওয়াক্ত নামাজ ও জুমার নামাজের ইমামতির দায়িত্ব পালন করেন। ১৯৯৭ সাল থেকে ২০২৩ সাল পর্যন্ত আ স ম শোয়াইব আহমদ এ দায়িত্ব পালন করেন। ২০২৩ সালে সড়ক দুর্ঘটনায় তাঁর মৃত্যু হলে বর্তমানে আশরাফ উদ্দিন খান মসজিদের খতিব ও ইমাম হিসেবে দায়িত্ব পালন করছেন।